Софья показала себя мастером захвата власти. Она дала старт и политической эмансипации русских женщин. Однако она не обнаружила способностей государственного деятеля не обнаружила. Начатые Федором реформы правительница продолжила только на ниве просвещения. В 1687 г. было учреждено первое русское высшее учебное заведение — Эллино-греческая (позднее Славяно-греко-латинская академия). Преподавали в ней греческие монахи братья Лихуды. Немногочисленных слушателей они обучали грамматике, риторике, логике, физике. Обучение велось на греческом языке; помимо него преподавались латынь и старославянский.
Во внешних делах Софья продолжила линию своего отца и брата. В 1683 г. турки осадили Вену, но были разбиты соединенным христианским войском под началом польского короля Яна Собеского. В намерении остановить турок Австрия, Речь Посполитая и Венеция в 1684 г. создали Священную лигу. К участию в антитурецкой коалиции они попытались привлечь и Россию. В качестве платы та потребовала признать окончательный переход в ее руки всех земель, что она получила по Анд- русовскому перемирию, в том числе Киева. Поражение, которое в 1685 г. турки нанесли полякам в Молдавии, вынудило Яна Собеского принять русские условия. 21 апреля 1686 г. в Москве был подписан «вечный» русско-польский мир. Россия, со своей стороны, обязалась выплатить Польше в качестве компенсации за Киев 146 тысяч рублей (примерно 10% годового бюджета) и предпринять поход против Крыма.
В разгроме Крымского ханства Россия была и сама заинтересована кровно. По-прежнему татары совершали набеги на русские земли, захватывая пленных. В 1686 г. Россия прекратила платить Крыму дань. В мае 1687 г. русская рать двинулась на юг. Поход возглавил тот, кто разработал и подписал русско-польский договор: фаворит Софьи, фактический глава кабинета, «царственныя большия печати и государственных великих посольских дел сберегатель» 44-летний Василий Голицын. Кампания провалилась: татары подожгли степь. Нечем было кормить лошадей. За 200 верст до Перекопа русские повернули назад. Так и не повидав неприятеля и потеряв множество людей от жары и болезней, Голицын в сентябре возвратился в Москву; Софья провозгласила его победителем.
В 1689 г. поход на Крым был повторен. 20 мая русское войско подошло к Перекопу. За перешейком расстилалась безводная степь. Вторгаться на полуостров Голицын не осмелился, затеял переговоры с ханом, которые ни к чему не привели. Потоптавшись у крымских ворот, московская рать отправилась домой.
И опять Софья встретила «света Васеньку» как героя. В церквях звучали благодарственные молебны. Фаворит был пожалован имениями, золоченым кубком, все воины получили награды.
Походы на Крым знаменовали, что в отношениях с ним Россия от обороны переходит к наступлению. Они помешали татарам помочь своим османским покровителям. Но практических выгод они России не принесли. Так считали многие, и это использовал 17-летний Петр. С трудом вырвали у него согласие на награждение Голицына и других воевод. Согласно этикету, они прибыли в резиденцию царя, дворец в селе Преоб- раженское; Петр их не принял.
Софья предвидела, что, повзрослев, Петр предъявит претензии на власть. Для того чтобы удержать бразды правления, ей нужно было юридически стать вровень с царями. С 1686 г., после подписания мира с Польшей, Софью в официальных документах начинают именовать «самодержицей». Но этого ей было мало. Необходимо было венчаться на царство. В августе 1687 г. Шакловитый предложил стрелецким начальникам подать соответствующую челобитную. Подобная инициатива была равносильна попытке государственного переворота. Не желая вновь становиться слепым орудием в чужих руках, стрельцы отмалчивались и тянули время. Тщетно агенты Софьи твердили стрельцам о кознях Нарышкиных, обещали, что стрельцам дадут пограбить бояр и купцов.
7 августа 1689 г. пронесся слух, что на Преображенское идут стрельцы. Перепугавшись насмерть, бросив семью, дом, войска, Петр в сопровождении всего трех человек ускакал в Троицкую обитель. Нежданно- негаданно для самого себя он очутился в том же положении, в каком была Софья в 1682 г. Шанс взять верх Софье теперь давало только решительное наступление на монастырь. Нотам находился царь,тогда как Софья была лишь правительницей. Идти против царя стрельцы не хотели. Софье пришлось заняться перетягиванием каната со своим сводным братом. В таком состязании все преимущества были на стороне Петра — еще и потому, что Крымские походы свели к нулю ее авторитет.
Подчиняясь приказам Петра (действиями его руководил Борис Голицын, двоюродный брат Василия) и игнорируя распоряжения Софьи, солдаты, стрельцы, служилые иноземцы ушли в Троицу. Перебрался туда даже патриарх, подозревавший Софью в сочувствии к «латинству». Софье ничего не оставалось, как капитулировать. По велению Петра она переселилась в Новодевичий монастырь. Софье было назначено хорошее содержание, оставлены ее служанки, но выходить за монастырские стены ей запрещалось. Федор Шакловитый был казнен, Василий Голицын сослан. 16 октября, как Софья семь лет назад, Петр победителем въехал в столицу.
За свое торжество он заплатил частицей здоровья. Сильнейшие страхи, пережитые Петром в 1682 и 1689 гг., доставили ему нервный тик. Жуткие конвульсии временами искажали его лицо. Потрясения детства и юности наложили отпечаток и на его образ мыслей. Ненависть и презрение испытывал Петр к обычаям и учреждениям Московской Руси.